通用基因組流覽器﹕普通幫助

下面是基因組流覽器的普通幫助。流覽器的系統管理員應該根據具體情況加以修改。

選擇基因組的一個區域

若要選擇基因組的一個區域進行觀察﹐在“標誌或區域”空格裡輸入其名稱。被認同的名稱由系統管理員決定﹐但通常包括以下幾種情況﹕

染色體名: 對以被組裝成染色體的基因組﹐ 你可以輸入染色體名。染色體名採用該物種的傳統命名。例如﹐ 線蟲(C. elegans) 染色體採用羅馬數字﹐比如 III﹐果蠅(D. melanogaster) 採用染色體臂如 2L 和 2R﹐而人(H. sapiens) 則採用阿拉伯數字如9。
基因名: 你可輸入該物種的標準命名。
contig 或克隆名: 你可輸入一個結構標誌﹐ 比如一個cosmid, BAC 或者 contig.
數列號: 你可輸入一個基因庫(GenBank) 或 EMBL數列號。
蛋白質名﹐引物名﹐閱讀框架編號(ORF IDs)﹐作者名等。: 系統管理員可以規定使用其他的名稱。參閱流覽器網頁上部的範例。

概覽區和細覽區

如果在數據庫裡發現你所尋找的標誌﹐流覽器將會顯示它所站住的基因組。結果以兩種圖像方式顯示﹕

概覽區: 這個版區顯示基因組的上下序列關係﹐通常是整條染色體或者是經過組裝的大片序列如 scaffold 或 contig。在系統管理員的設定下﹐一些重要的標誌﹐如一些常見的遺傳標誌(genetic markers) 或細胞遺傳帶(cytogenetic bands)也可以放在這一版區。紅色長方形指示此區在細覽區詳細顯示。紅色長方形很小時會看上去像一條線。
細覽區: 這個版區放大顯示概覽區紅色長方形內的基因組。細覽區包括一條或幾條註釋數據和其他特征。關於細覽區﹐ 下面有詳盡的描述。

如果你輸入的標誌沒有找到﹐流覽器會顯示一條信息。

確定標誌的類型

系統管理員可以設定標誌的類型﹐ 使得標誌必須具備各自的格式﹐ 如使用類型﹕標誌. 例如﹐要從線蟲(C. elegans)數據庫裡尋找PCR產物sjj_K08A8.1﹐你得尋找PCR_Product:sjj_K08A8.1。

一旦有名稱衝突﹐比如 contig 和基因都稱為c23﹐ 你可以用類型來作選擇。

觀察標誌週圍的精細區域

你可以利用這種記法標誌﹕起始..終止來觀察標誌週圍的精細區域。其中起始和終止是數列相對於標誌的起始和終止點。特征的起始點是位置1( position 1)。對於複雜的特征﹐如多個基因﹐起始點由數據庫系統管理員定義。例如﹐ 線蟲(C. elegans) 的位置1( position 1)是位於CDS起始位置的AUG。這樣﹐要觀察mek-1上游100緘基和下游500緘基的區域﹐你得輸入mek-1:-99..500。

這種記法不但適用于正鏈的特征﹐也可以用于副鏈。坐標永遠是相對於標誌本身。

為了得到一個合法的特征﹐ 可加入此特征的類型﹐ 如 PCR_Product:sjj_K08A8.1:-500..500 (請注意這個例子只適于線蟲[C. elegans] 數據庫).

關鍵差查詢

如果年輸入“標誌或區域”空格的詞不屬於所認識的標誌﹐它便被以文本查詢的方式搜尋整個數據庫。這樣會找到一些腳註﹐說明以及其他特征。起決于數據庫的設置﹐ 你有可找到基因名﹐基因功能﹐作者名﹐或者文獻。

如果成功的話﹐流覽器會提供給你一系列標誌和說明。然後你可選擇一個來觀查。你可試¨鍵入“kinase”一詞于“標誌或區域”空格內。

流覽

一旦一個區域被顯示出來﹐你可以用一系列的方法流覽﹕

用 <<, <, > 和 >>按鈕左右卷動: 可利用這些位於“卷動/縮放”部份的按鈕左右卷動細覽區。 << 和 >> 按鈕轉動整屏﹐而 < 和 > 轉動半屏。
利用”顯示XXXKbp" 菜單進行縮放: 利用“卷動/縮放”部份中間的菜單改變縮放水平。菜單名指示將在細覽區顯示的緘基對數。例如﹐選擇“100 Kbp”設定細覽區的顯示區為100 Kbp寬。
用“-”和“+”細調縮放水平: 按- 和 + 改變縮放水平 (通常每次10-20%, 根據流覽器的設定而定)。
調節細覽區居中位置: 按細覽區上面的標尺可使被按的位點居中。這是進行細調時快速而又簡單的方法。
獲取特征的信息: 按下細覽區特征會鏈接到另外一個包括更多信息的網頁。這個網頁可能在本流覽器上﹐也可能在外部網站。
從概覽區跳到一個新區: 按下概覽區馬上可以跳到一個相關的新區。

細覽區

細覽區包括一系列水平排列的“特征數據(distinct tracks)”。每個特征數據對應于一類基因組特征﹐並由特異的圖形和顏色表示。

特征數據的註解顯示于細覽區的下端。要得到有關特征數據更多的信息﹐按位於“查詢設置”(見下文)。

用戶化細覽區

你可用多種方法用戶化細覽區﹕

在“查詢設置”區打開和關閉特征數據

“查詢設置”區包括一系列“選擇盒”(checkboxes). 每個選擇盒對應于一個特征數據。點擊選擇盒右面的標記可顯示有關這個特征數據更多的細節﹐比如用于產生它的算法﹐作者﹐以及文獻引用。

利用“設定特征數據選項”改變特征數據的性質

這樣會彈出一個新的窗口﹐顯示每個特征數據的設置。打開或關閉“顯示”區的選擇盒﹐會打開或關閉特征數據 (與在“查詢設置”區裡的選擇盒相同)。改變“格式”裡的彈出菜單可以改變相應特征數據的顯示。選項有﹕ 緊縮﹐迫使所有的特征數據成為一條線﹐不顯示標記和描述﹔ 擴展, 導致所有的特征數據碰到一起但不重迭﹔以及擴展和標記, 致使所有的特征數據標記上它們的名字和簡短的描述。缺損為自動﹐ 在特征態多時選擇緊縮﹐而在空間足夠時採用擴展方式。流覽器會記住你所作的任何改變。如果年滿意當前的選項﹐按 接受變化和返回... 。

利用“設定特征數據選項”改變特征數據的順序

特征數據選項窗口裡最後一欄讓你改變特征數據的順序。上彈菜單以字母順序列出所有特征。選擇尼想要的特征。窗口會自動顯示改變後的情況。否則﹐選擇“重顯示”鍵觀察。