申請書作成に当たっての注意点

これまでに審査員から指摘される頻度が多かった内容です。

・NGSにより目的が達成できるのかどうかの検討不足
　( 例えば、RNA-seqの比較だけで注目する形質の原因遺伝子を見つける、というような申請は
　説明不足になりがちです。 )

・サンプル準備に対する計画性や妥当性

・非モデル生物等のリファレンスゲノムが適用されにくい場合の解析方針
　( 例えば、変異解析を行う場合にはデータをどのように扱うのか、解釈するのかを十分に
　説明する必要があります。 )


解析規模の目安

当センターが提案している1サンプル当たりの解析規模です。

解析規模の目安
RNA-seq ( モデル生物 ) 5M～20M reads
RNA-seq ( 非モデル生物 ) 20M～30M reads
Resequencing 推定ゲノムサイズのx20～x30
メタゲノム解析 ( 16S rRNA ) 10万 reads 以上
De novo DNA-seq ( Bacteria ) 推定ゲノムサイズのx100
De novo DNA-seq ( Long-read ) 推定ゲノムサイズのx30以上
（ゲノムサイズにより対応不可の場合があります。）

過去に実施した解析の規模



ロングリードシーケンス
生物種 N50長 データ量 フローセル数
チョウ目の一種 11 Kb 25 Gb MinION 2枚
インゲン1品種 26 Kb 24 Gb MinION 1枚
トマト4品種 27 Kb～34 Kb 6 Gb～21 Gb MinION 各1枚
アブラナ科植物 38 Kb 67 Gb PromethION １枚

※ サンプルのクオリティに依存します。


過去に頂いたご質問 (Q&A)

研究代表者、あるいは分担者に企業の者がいるが、申請可能か。

可能です。採択後は、通常の承諾書に加え、当該企業および参加各機関と本学との間で、共同研究契約書の締結を行います。また、研究成果の公開を前提とします。

ゲノムセンターの博士研究員を担当教員にすることは可能か。

できません。担当教員は本学の教員を対象としています。

共同研究において、ゲノムセンターの分担内容は何か。

申請頂いた計画の中で、ゲノムセンターで担当可能な内容は、精製済の核酸試料を受け取り、ライブラリ調製、シーケンス、解析までとなります。なお、メタゲノムの場合は1st PCRを申請者グループにお願いする場合があります。

ある生物を使っているが、明確な農学分野の研究かどうか不明である。申請可能か。

基本的には可能です。農学分野を中心に関連する分野、分野融合的な研究を対象としますが、研究成果の将来的な広がりの可能性も含めて検討ください。また、過去の採択課題リストもご参照ください。

メタゲノムのライブラリ調製はどのように行っているか。

センターでは、illumina社が公開しているマニュアルに従って調製しています。

ゲノムサイズが不明である。

近縁種あるいは参考となりそうな生物種のゲノムサイズを検索ください。それをもとに、リード量などを見積もりください。その他については、センターにお問い合わせください。

サンプル数の上限はどれくらいか。

採択時におけるサンプル数は研究内容により異なります。参考として、過去の採択例をご覧下さい。なお、RNA-seqにおいて試料がn=3でない場合には、理由の記載を推奨します。