当センターのシーケンサーのパフォーマンス
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HiSeq2500 |
NextSeq500 |
MiSeq |
| HiSeq2500 | NextSeq500 | MiSeq | |
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リード長 Single read: SR Paired-end read: PE |
SR50 SR100 PE200 |
Mid-outputの場合 PE150 PE300 High-outputの場合 SR75 PE150 PE300 |
PE150 PE600 |
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１レーンもしくは １ランあたりの 最大出力リード数 | 120M reads/lane |
Mid-outputの場合 104M reads/run High-outputの場合 320M reads/run | 25M reads/run |
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１レーンもしくは １ランあたりの 出力データ量 | 6～24Gb/lane |
Mid-outputの場合 15.6～31.2Gb/run High-outputの場合 24～96Gb/run | 3.75～15Gb/run |
申請書作成に当たっての注意点
これまでに審査員から指摘される頻度が多かった内容です。
・NGSにより目的が達成できるのかどうかの検討が不十分
( 例えば、RNA-seqの比較だけで注目する形質の原因遺伝子を見つける、というような申請は
説明不足になりがちです。 )
・サンプル準備に対する計画性や妥当性
・非モデル生物等のリファレンスゲノムが適用されにくい場合の解析方針
( 例えば、変異解析を行う場合にはデータをどのように扱うのか、解釈するのかを十分に
説明する必要があります。 )
解析規模の目安
当センターが提案している1サンプル当たりの解析規模です。
| 解析規模の目安 | |
| RNA-seq ( モデル生物 ) | 5M～20Mリード |
| RNA-seq ( 非モデル生物 ) | 20M～30Mリード |
| Resequencing | 推定ゲノムサイズのx20～x30 |
| De novo DNA-seq ( Bacteria ) | 推定ゲノムサイズのx100 |
| メタゲノム解析 ( 16S rRNA ) | 10万リード以上 |
過去に実施した解析の規模( RNA-seqの場合 )
これまでに採択された１課題当たりのリード数の分布です。
