当センターのシーケンサーのパフォーマンス


ショートリードタイプ

NextSeq 1000

NextSeq 500

MiSeq


NextSeq 1000 NextSeq 500 MiSeq
リード長
 Single read: SR
 Paired-end read: PE
PE100
PE200
PE300
PE600
Mid-outputの場合
 PE150
 PE300
High-outputの場合
 SR75
 PE150
 PE300
PE150
PE600
1ランあたりの
最大出力リード数
2 x 280~320M reads/run Mid-outputの場合
 2 x 104M reads/run
High-outputの場合
 2 x 320M reads/run
2 x 20M reads/run
1ランあたりの
出力データ量
32~144Gb/run Mid-outputの場合
 15.2~31.2Gb/run
High-outputの場合
 24~96Gb/run
3.04~12Gb/run

ロングリードタイプ

MinION Mk1B


MinION Mk1B
リード長
数kb~数百kb
1ランあたりの
出力リード数
数万reads/run
1ランあたりの
出力データ量
5~15Gb/run
※Whole genome sequencingの用途に限ります。

申請書作成に当たっての注意点

これまでに審査員から指摘される頻度が多かった内容です。

・NGSにより目的が達成できるのかどうかの検討が不十分
 ( 例えば、RNA-seqの比較だけで注目する形質の原因遺伝子を見つける、というような申請は
 説明不足になりがちです。 )

・サンプル準備に対する計画性や妥当性

・非モデル生物等のリファレンスゲノムが適用されにくい場合の解析方針
 ( 例えば、変異解析を行う場合にはデータをどのように扱うのか、解釈するのかを十分に
 説明する必要があります。 )


解析規模の目安

当センターが提案している1サンプル当たりの解析規模です。

解析規模の目安
RNA-seq ( モデル生物 ) 5M~20Mリード
RNA-seq ( 非モデル生物 ) 20M~30Mリード
Resequencing 推定ゲノムサイズのx20~x30
De novo DNA-seq ( Bacteria ) 推定ゲノムサイズのx100
メタゲノム解析 ( 16S rRNA ) 10万リード以上
De novo DNA-seq ( Long-read ) 推定ゲノムサイズのx20以上
(ゲノムサイズにより対応不可の場合があります。)

過去に実施した解析の規模( RNA-seqの場合 )

これまでに採択された1課題当たりのリード数の分布です。