当センターのシーケンサーのパフォーマンス


HiSeq2500

NextSeq500

MiSeq

HiSeq2500 NextSeq500 MiSeq
リード長
 　Single read: SR
　Paired-end read: PE 		SR50
SR100
PE200 		Mid-outputの場合
　PE150
　PE300
High-outputの場合
　SR75
　PE150
　PE300 		PE150
PE600
１レーンもしくは
１ランあたりの
最大出力リード数 		2 x 150M reads/lane Mid-outputの場合
　2 x 104M reads/run
High-outputの場合
　2 x 320M reads/run 		2 x 20M reads/run
１レーンもしくは
１ランあたりの
出力データ量 		7.5～30Gb/lane Mid-outputの場合
　15.2～31.2Gb/run
High-outputの場合
　24～96Gb/run 		3.04～12Gb/run

申請書作成に当たっての注意点

これまでに審査員から指摘される頻度が多かった内容です。

・NGSにより目的が達成できるのかどうかの検討が不十分
　( 例えば、RNA-seqの比較だけで注目する形質の原因遺伝子を見つける、というような申請は
　説明不足になりがちです。 )

・サンプル準備に対する計画性や妥当性

・非モデル生物等のリファレンスゲノムが適用されにくい場合の解析方針
　( 例えば、変異解析を行う場合にはデータをどのように扱うのか、解釈するのかを十分に
　説明する必要があります。 )


解析規模の目安

当センターが提案している1サンプル当たりの解析規模です。

解析規模の目安
RNA-seq ( モデル生物 ) 5M～20Mリード
RNA-seq ( 非モデル生物 ) 20M～30Mリード
Resequencing 推定ゲノムサイズのx20～x30
De novo DNA-seq ( Bacteria ) 推定ゲノムサイズのx100
メタゲノム解析 ( 16S rRNA ) 10万リード以上

過去に実施した解析の規模( RNA-seqの場合 )

これまでに採択された１課題当たりのリード数の分布です。