当センターのシーケンサーのパフォーマンス


NextSeq 1000	NextSeq 500	MiSeq

	NextSeq 1000	NextSeq 500	MiSeq
リード長　Single read: SR 　Paired-end read: PE	PE100 PE200 PE300 PE600	Mid-outputの場合　PE150 　PE300 High-outputの場合　SR75 　PE150 　PE300	PE150 PE600
１ランあたりの最大出力リード数	2 x 280～320M reads/run	Mid-outputの場合　2 x 104M reads/run High-outputの場合　2 x 320M reads/run	2 x 20M reads/run
１ランあたりの出力データ量	32～144Gb/run	Mid-outputの場合　15.2～31.2Gb/run High-outputの場合　24～96Gb/run	3.04～12Gb/run

MinION Mk1B

※Whole genome sequencingの用途に限ります。

申請書作成に当たっての注意点

これまでに審査員から指摘される頻度が多かった内容です。

・NGSにより目的が達成できるのかどうかの検討が不十分
　( 例えば、RNA-seqの比較だけで注目する形質の原因遺伝子を見つける、というような申請は
　説明不足になりがちです。 )

・サンプル準備に対する計画性や妥当性

・非モデル生物等のリファレンスゲノムが適用されにくい場合の解析方針
　( 例えば、変異解析を行う場合にはデータをどのように扱うのか、解釈するのかを十分に
　説明する必要があります。 )

当センターが提案している1サンプル当たりの解析規模です。

	解析規模の目安
RNA-seq ( モデル生物 )	5M～20Mリード
RNA-seq ( 非モデル生物 )	20M～30Mリード
Resequencing	推定ゲノムサイズのx20～x30
De novo DNA-seq ( Bacteria )	推定ゲノムサイズのx100
メタゲノム解析 ( 16S rRNA )	10万リード以上
De novo DNA-seq ( Long-read )	推定ゲノムサイズのx20以上（ゲノムサイズにより対応不可の場合があります。）

これまでに採択された１課題当たりのリード数の分布です。